Mag

A Mathematica programcsomag legalapvetőbb komponense a mag, vagy más néven a kernel. Ez a program értelmezi és hajtja végre a Mathematica nyelvén beadott utasításokat. Rengetegféle matematikai függvény és művelet van beleépítve, a hétköznapi matematikai munka során előforduló szinte minden operációt ismer. Azokra az esetekre, amikor valamilyen speciális parancsra van szükség, lehetőség van a program készítőitől vagy más forrásból származó csomagok kernelbe való betöltésére, így lehetséges az azokban található parancsok használata. A felhasználó a maghoz egy felhasználói felületen vagy valamilyen kliensen keresztül kapcsolódik. Windows alatt azonban lehetséges a krenel közvetlen elérése is egy terminál ablakon keresztül. Ekkor azonban nem elérhetőek a felhasználói felületek által nyújtot grafikai képességek, különös tekintettel a képletek szép megjelenítésére.